Insgesamt sind über 300 Vogel- und unzählige Fischarten an und in der Donau beheimatet. Typische Donaufische sind Barbe, Nase, Blaunase, Aitel, Hasel, Brachse, Karpfen, Güster, Hecht, Zander, Barsch, Aal, Schied, Huchen, Scharbe, Sterlet und Wels. Aber auch Vögel wie Seeadler, Schwarzstorch, Bienenfresser und Säugetiere wie Steinmarder, Edelmarder, Wiesel, Dachs oder gar Wildkatze, Biber und Otter sind hier heimisch.

Im Delta finden sich unter anderem Pelikane, Löffler, Rothalsgänse, Europäischer Nerz, Fischotter, Steppeniltis und Ziesel aber auch besonders gefährdete Fischarten wie den Stör. Ebenso bietet die Donau zahlreichen Amphibien und Reptilien Lebensraum.